胆结石病的成因非常复杂，与多种因素有关。任何影响胆固醇与胆汁浓度比例和造成胆汁瘀滞的因素都能导致结石的形成。
胆结石的危险因素：如某些地区和种族，基因和家族史、逐渐增长的年龄、女性、肥胖、妊娠、高热量饮食（含动物脂肪、蛋白）、不良饮食习惯、长期禁食、短期内体重迅速下降、糖尿病、高血脂症、胃切除或胃肠吻合手术后等。
1.地区和种族，基因和家族史
胆结石的发生具有一定的遗传倾向, 在特定种族的人群发病率很高。南美地区如智利、秘鲁等国家的胆石症发病率最高，达25%-60%；欧美等西方国家胆石症发病率相对高于亚洲地区，如美国约为7-12%，欧洲约为11.7%-39%；我国不同地区胆石症的发病率也存在着显著差异。其中，新疆维吾尔族人胆石病发病率最高，达30.7%~61%，台北为5.3%，而北京仅为4.2%。国外实验室通过分析智利三种不同种族人群—智利西班牙人、 土著印第安人和毛利人的线粒体DNA, 提示某种致石基因是土著印第安人胆石发生率较高的原因。不同地区发病率的差异也受不同生活环境、饮食习惯的影响。
2.年龄、女性、肥胖、妊娠
发病年龄：胆囊结石的发病率是随着年龄的增长而增加的。发病的高峰年龄都在40～50岁。 发病性别差异：男女发病之比约为1∶2，女性胆囊结石以胆固醇结石多发。肥胖是胆囊胆固醇结石发病的一个重要危险因素，肥胖人发病率为正常体重人群的3倍。胆固醇结石发病机制的主要方面是胆汁胆固醇分泌增加导致的胆汁胆固醇饱和指数升高。性激素、 老年、 肥胖和体重迅速降低引起的胆石病都和胆汁胆固醇过度分泌有关。妊娠高发是由于孕期的雌激素增加使胆汁成分发生变化，可增加胆汁中胆固醇的饱和度；而妊娠期的胆囊排空缓慢；孕期和产后的体重变化及饮食结构也影响胆汁成分，改变了胆汁酸的肠肝循环，促进了胆固醇结晶的形成。
3.生活习惯
不良饮食习惯是影响胆石形成的主要因素，进食低纤维、高热卡食物者胆囊结石的发病率明显增高。因为这类食物增加胆汁胆固醇饱和度。不定时进餐特别不吃早餐也被认为是高危因素，空腹胆囊胆汁的胆固醇饱和指数较高, 可能的原因是肠肝循环减少, 胆囊内胆汁浓缩和粘膜吸收所导致。快速体重丧失（1.5kg/wk），例如不合理的减肥方法，也可以促进结石的形成；
4.其他因素
某些药物可以导致胆囊结石的形成，但如果用药时间短，结石可以消失；代谢综合征如糖尿病、高脂血症患者，胆囊结石的发病率是升高的；还有一些特殊疾病，例如甲状旁腺疾病导致的钙磷代谢异常等等也可以引起胆囊结石的发病。
